Фонд гербария в батумском ботаническом саду был создан в 1939 году. Однако, первые образцы гербария собирались еще до основания сада. Он включен в международную систему гербария (Index herbariorum) и ему присвоен код “BATU

На сегодня в фонде насчитывается до 46 041 листьев гербария, в нем представлены до 5460 видов 1396 фамилий (913 местных и 627 культурных) 246 семей (среди них 167 местных и 168 культурных). Это одна из национальных сокровищниц, где представлена уникальная историческая документация растительных ресурсов Кавказа, Колхиды. Документация составлена выдающимися исследователями флоры Кавказа, Западного Кавказа и Колхиды: А.Гросхеим, Н.Альбов, Д.Сосновский, И.Воронов, А.КОлаковский, А. Дмитриевой, В. Мемиадзе, М.Давитадзе, Н.Мемиадзе, Я.Манвелидзе Д.Харазишвили и др.

В фонде в основном представлены гербарии видов дикой флоры, характерной для районов Аджарии и Колхиды. Также гербарии экзот Восточной Азии, Гималаев, Австралии, Новой Зеландии, Средиземноморья, Южной и Северной Америки, представляющих фитогеографические отделы батумского ботанического сада.

Фонд гербария ежегодно пополняется до 1200-1800 новых образцов, которые, в основном, собираются во время экспедиций по районам флоры Колхиды.