ბათუმის ბოტანიკური ბაღის ჰერბარიუმის ფონდი შეიქმნა 1939 წელს, თუმცა ჰერბარიუმის პირველი ნიმუშები გროვდებოდა ბაღის დაარსებიდანვე. იგი შეტანილია საერთაშორისო საჰერბარიუმო სისტემაში (Index herbariorum) და მინიჭებული აქვს კოდი “BATU”.

დღეისათვის ჰერბარიუმის ფონდი 46 041 -მდე საჰერბარიუმო ფურცელს ითვლის და 246 ოჯახის, (მათ შორის 167 ადგილობრივი და 168 კულტურული), 1396 გვარის (913 ადგილობრივი და 627 კულტურული) 5460-მდე სახეობითაა წარმოდგენილი. ეს არის ერთ-ერთი ეროვნული საგანძური, სადაც წარმოდგენილია კავკასიის, კოკლხეთის მცენარეთა რესურსების უნიკალური ისტორიული დოკუმენტაცია, შექმნილი კავკასიის, დასავლეთ კავკასიის და კოლხეთის ფლორის აღიარებული მკვლევარების: ა. გროსჰეიმის, ნ. ალბოვის, დ. სოსნოვსკის, ი. ვორონოვის; ა. კოლაკოვსკის, ა. დმიტრიევას, ვ. მემიაძის, მ. დავითაძის, ნ. მემიაძის, ზ. მანველიძის, დ. ხარაზიშვილის და სხვათა მიერ.

ფონდში ძირითადად წარმოდგენილია აჭარის და კოლხეთის ფლორისტული რაიონისათვის დამახასიათებელი ველური ფლორის სახეობათა ჰერბარიუმები. ასევე ბოტანიკური ბაღის სხავადასხვა ფიტოგეოგრაფიულ განყოფილებების: აღმოსავლეთ აზიის, ჰიმალაის, ავსტრალიის, ახალი ზელანდიის, ხმელთაშუაზღვის, სამხრეთ და ჩრდილოეთ ამერიკის ეგზოტების ჰერბარიუმები.

ჰერბარიუმის ფონდი ყოველწლიურად იზრდება 1200-დან 1800-მდე ახალი ნიმუშით, რომელიც ძირითადად კოლხეთის ფლორისტულ რაიონში განხორციელებული ექსპედიციების შედეგად გროვდება.